物流公司合作是基于分工基础上的合作，因而要求物流服务提供者与购买方在磋商合作协议时，必须对合作中各自的责任进行明确分工。从总的责任分工来说，物流服务购买方在程序和系统的设计方面起领导作用，而物流服务提供者则在执行这些活动时起领导作用。
具体执行物流合作方案时，必须在明确合作各方的工作任务的基础上，根据合作目标制定完成各项任务的规则和要求，并按照相应标准对工作绩效进行适时评估，常见的绩效评价标准包括：准时发货率、准时交付率、提货准确率、订货完成率、库存准确率、缺货损失、每公里成本、仓储运营成本等。这样，当合作出现问题，如提供者不能履行承诺，或物流服务不能满足最终客户的要求时，就可以及时进行协商改进，避免事态恶化和造成严重损失。
物流业界有个统一的认识，现在做物流最好做的是仓库。因为大多数企业都能明白用人家的仓库比自己的省钱，所以仓库总是满的。但是，说到运输和配送、管理就不是每个企业都能理解的了。一位业内人士说，很多企业理解的物流公司就是把仓库和车队都不要了，用你的。目的就是省钱。
应该说，节约成本可以说是物流公司的最重要优势，却不是唯一的优势。物流公司存在的最重要理由就是让更专业的物流企业来为制造企业服务，让物流也成为企业增值的另一个渠道。
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